sub.example.comで運用するとする。

管理画面から，サブドメインを追加。

ドメインができたらFTPをつないで

example.com/domains/sub.example.com

に，全部をアップロード。

次に，SSHでログインしてアップロードしたディレクトリに移動。

そして，最初からあるhtmlディレクトリを削除。

rm -rf html/

代わりに，app/webrootへのシンボリックリンクを作成する。

ln -s app/webroot html

これで

sub.example.com

にアクセスしたときに，webrootの中身が表示されるようになる。

.htaccessでApacheの設定を上書きするのがセオリー。

AddTypeやForceTypeを使う設定が知られているが，MediaTempleではこれらは禁じられている。
というか，使っても無視される。
Media Templeでhtmlファイルをphpとして動かしたい場合には，AddHandlerを使う。

AddHandler php5-script html

と書けば，htmlをphp5で動かしてくれる。